27 अक्टूबर 1958 को कर्नाटक के बेलगावी जिले के सदलगा में जन्मे शांतिनाथ आचार्य विद्यासागर के छोटे भाई हैं। उल्लेखनीय है कि उनके माता-पिता ने भी दीक्षा ली — पिता मुनि मल्लिसागर और माता आर्यिका समयमति बनीं — और दो बहनों ने भी। शांतिनाथ ने 1975 में ब्रह्मचर्य व्रत, उसी वर्ष सोनागिर में क्षुल्लक दीक्षा और 1978 में नैनागिर में ऐलक दीक्षा ली, सभी विद्यासागर जी से, और 8 मार्च 1980 को द्रोणगिरि में मुनि समयसागर के रूप में मुनि दीक्षा पाई।
चार दशकों से अधिक समय तक वे अपने बड़े भाई के संघ में मुनि के रूप में विहार और अध्ययन करते रहे, अक्सर मुनियों के अलग समूहों का नेतृत्व करते हुए। फ़रवरी 2024 में चंद्रगिरि, डोंगरगढ़ में आचार्य विद्यासागर जी की समाधि के बाद संघ ने दीक्षा में सबसे वरिष्ठ मुनि समयसागर जी को उत्तराधिकारी माना। 16 अप्रैल 2024 को मध्य प्रदेश के दमोह जिले के कुंडलपुर में विशाल जनसमूह के बीच उन्हें आचार्य पद पर प्रतिष्ठित किया गया। अब वे विद्यासागर जी के मुनियों और आर्यिकाओं के विशाल संघ का नेतृत्व करते हैं।

